我市按照“源头减量、过程控制、末端利用”的治理思路，加强畜禽规模养殖场粪污处理设施建设，推动畜禽规模养殖场粪污处理设施装备提档升级。完善畜禽粪污资源化利用管理制度，整县推进畜禽粪污资源化利用，全面提升畜禽粪污综合利用水平。建设粪肥还田利用示范基地，推进种养结合，畅通粪肥还田渠道。到2024年，全市畜禽规模养殖场粪污处理设施装备配套率在97%以上，畜禽粪污综合利用率达94%。
我市加强畜禽养殖禁养区监管，认真落实畜禽规模养殖禁养区划定方案，严格执行畜禽养殖禁养规定。严格落实规模养殖环境影响评价制度、养殖污染防治属地管理责任制度、规模养殖场主体责任制度、部门日常监管制度，强化责任落实。加大环境监管执法力度，开展畜禽养殖污染防治专项行动，依法查处无证排污、不按证排污、污染防治设施配套不到位以及粪肥超量施用污染环境等环境违法违规行为。
我市加强水产养殖尾水监测，规范工厂化水产养殖尾水排污口设置。以南盘江、北盘江、牛栏江等区域为重点，依法加大环境监管执法检查力度。大力发展水产生态健康养殖，积极推广池塘工厂化循环水、大水面生态养殖、稻渔综合种养等多种生态健康养殖模式。实施池塘标准化改造，完善循环水和进排水处理设施，推进养殖尾水节水减排。